A Secretaria de Saúde do Município de Flor da Serra do Sul foi criada pela Lei nº 088/97 art. 230 e art. 240 sendo o Órgão que tem por finalidade:

I – Promover o levantamento dos problemas de saúde da população do Município, a fim de identificar as causas e combater as doenças com eficácia;
II – Manter estreita coordenação com os órgãos e entidades de saúde estadual e federal o atendimento dos serviços de assistência médica – social e de defesa sanitária do Município;
III – Administrar as Unidades de Saúde existentes no Município, promovendo atendimento de pessoas doentes e das necessidades de socorros imediatos;
IV – Providenciar o encaminhamento de pessoas doentes a outros centros de saúde fora do Município, quando os recursos médicos locais forem insuficientes;
V – Executar programas de assistência médica-odontológica à escolares;
VI – Promover junto a população campanhas preventivas de educação sanitária;
VII – Promover a vacinação em massa da população local em campanhas específicas ou em caso de surtos epidêmicos;
VIII – Dirigir e fiscalizar a aplicação de recursos provenientes de convênios destinados a saúde pública;
IX – Promover o saneamento básico no Município.
– A Secretaria de Saúde e Saneamento compõe-se dos seguintes departamentos, diretamente subordinados ao Titular:
I – Departamento de Saúde
II – Departamento de Saneamento